“A história de duas garotas que descobrem um tesouro precioso em um lugar além da solidão”, com esta frase o Studio Ghibli define As Memórias de Marnie. Portanto, cabe destacar que a animação é dirigida e roteirizada por Hiromasa Yonebayashi, principal animador do bem-sucedido A Viagem de Chihiro, de Hayao Myiazaki. Ademais, Hiromasa é conhecido pelo roteiro e direção de O Mundo dos Pequeninos.
Marcada pela perda dos pais, Anna é uma menina de 12 anos com dificuldades de se relacionar com o mundo. Após a piora de um quadro de asma, ela é enviada para a casa de parentes da mãe adotiva, em uma vila à beira-mar. Sendo assim, neste lugar, ela conhece a misteriosa Marnie. Ela é uma jovem que vive na antiga mansão de frente para o pântano.
Consequentemente, Anna encontrará nesta amizade uma oportunidade para vencer medos. Deste modo, segue em uma jornada de autoconhecimento. Porém, tudo isso envolto a uma atmosfera de mistério. Afinal de contas, quem seria Marnie? Qual seria a história e relação dela com Anna?